أُنشئ قسم أمراض النساء والتوليد في كلية طب الفلوجة عام ٢٠١٦، وهو أحد الأقسام السريرية الأربعة. عمل القسم على تحقيق التكامل مع الفروع الأخرى في الكلية، كما ركز على إلقاء المحاضرات النظرية والتدريب العملي في المستشفيات ومراقبة العمليات الجراحية. رؤية القسم ورسالته وأهدافه: الرؤية: يسعى القسم إلى أن يكون من أهم وأبرز الفروع في الكلية، وأن يطور المهارات السريرية ويدفع عجلة البحث العلمي. الرسالة: إعداد الطبيب/الطبيبة بشكل احترافي، مع الاهتمام بالجانب الإنساني والتعامل الأخلاقي في مجال أمراض النساء والتوليد. الأهداف: ١- التركيز على المعرفة الأساسية بطب النساء والتوليد، والحصول على أساس متين في هذا المجال. ٢- إتاحة الفرصة لطلبة الطب لاستخدام أفضل الخيارات في علاج مرضاهم، وتنمية قدراتهم ومهاراتهم. ٣- تعزيز العلاقة بين الطالب وأساتذته، حتى بعد تخرجه، حفاظًا على استمرارية العملية التعليمية.